R mit PostgreSQL unter Ubuntu 12.04

Hier die ultimative Übersicht für alle die gerne mit R unter Ubuntu arbeiten und Daten aus PostgreSQL verwenden möchte. Ich geh davon aus, dass die PostgreSQL-Datenbank jeder allein einrichten kann.

1. Schritt: Abhängigkeiten (PostgreSQL, JDBC-Connector für PostgreSQL und R) installieren

   sudo apt-get install postgresql libpostgresql-jdbc-java r-base-core r-cran-rjava r-cran-dbi 

2. Schritt: Terminal öffnen & R starten mit
   

   R

3. Schritt: JDBC-Paket (RJDBC) für R installieren

   install.packages(c("RJDBC"))

4. Schritt: Verbindung zur Datenbank aus R herstellen

   # JDBC-Paket einbinden
   library(RJDBC)
   
   # JDBC-PostgresSQL-Treiber initialisieren
   drv <- JDBC("org.postgresql.Driver", "/usr/share/java/postgresql-jdbc4-9.1.jar", identifier.quote="`")
   
   # Verbindung zur Datenbank herstellen
   conn <- dbConnect(drv, "jdbc:postgresql://localhost/datenbank", "user", "pw")

   # SQL-Query ausführen
   data <- dbGetQuery(conn, "select * from iris where Species='setosa'")

5.  Fertig :) 

Bei Verbindungen zur nicht lokalen Datenbanken muss der dbConnect-Aufruf angepasst werden.